Allianoi Antik Kenti, tarih boyunca önemli bir yerleşim alanı olmuştur. Ancak, günümüzde bu benzersiz miras, Yortanlı Barajı'nın inşasıyla birlikte su altında kalmış durumdadır. Bu antik kent, geçmişteki ihtişamını yitirmiş olsa da, hala bölgenin tarihi ve kültürel zenginliğini simgelemeye devam etmektedir. Allianoi'nin durumu, hem arkeologlar hem de tarih severler için kaygı verici bir mesele haline gelmiştir. Su altında kalan bu alan, geçmişin izlerini barındırdığı için korunması gereken bir hazine niteliğindedir.

Allianoi Antik Kenti'nin son hali, 2011 yılında Yortanlı Barajı'nın suları altında kalmadan önce, tamamen kumlarla örtülmüş olarak tanımlanmıştır. Ağustos 2010'da İzmir 2 No'lu Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulu'nun antik kentin kille kaplanıp kuma gömülmesini öngören kararına karşı açılan yürütmeyi durdurma davasında, mahkeme kararı beklenmeden yapılan kumlama işlemi sonrası, İzmir 4. İdare Mahkemesi Başkanı ve bilirkişi heyeti, antik kenti ve sahasını incelemişlerdir. Keşif sırasında, kumla kapatılan alanda yağmur sonrası birçok bölgede göçmeler ve çatlaklar oluştuğu gözlemlenmiştir. Ayrıca, bölgede yüzlerce ağacın kesildiği tespit edilmiştir. Allianoi Antik Kenti, günümüzde su altında bulunmaktadır.