Acem Gölü, ekosistem dengesi açısından son derece önemli bir su kaynağıdır. Ancak, göl çevresindeki insan faaliyetleri ve iklim değişikliği nedeniyle ciddi ekolojik sorunlarla karşı karşıya kalmaktadır. Bu sorunlar, hem su kalitesini hem de biyoçeşitliliği tehdit eden unsurlar içermektedir. Acem Gölü'nün mevcut durumu, bölgedeki ekosistem sağlığını korumak için acil önlemler alınmasını zorunlu kılmaktadır.

Acem Gölü'nün ekolojik sorunları şunlardır:

• Oksijen eksikliği ve kirlilik. Aşırı kirlilik ve sıcaklık artışı, sudaki oksijen seviyesini düşürmektedir.
• İnsan kaynaklı kirlilik. Evsel atıklar, zirai ilaçlar ve gübre sularının kontrolsüz bir şekilde karışması kirliliği artırmaktadır.
• Kuraklık ve ihmal. Yetersiz yağışlar nedeniyle su seviyelerinin düşmesi, kirliliğin etkisini artırmaktadır.
• Kendi kaderine terk edilmişlik. Göletin "kendi kaderine terk edilmiş" hali, denetim ve temizlik çalışmalarının yetersizliğini göstermektedir.

Bu sorunların çözümü için acil eylem planı, kirlilik kaynağı tespiti ve engellenmesi, rehabilitasyon çalışmaları ve sürekli denetim önerilmektedir.