İznik Gölü, 1999 depreminin öncesinde ilginç olaylara tanıklık etmiştir. Bu dönemde gölde görülen büyük yılanlar, bölgede yaşayanlar arasında endişe ve merak uyandırmıştır. Ancak, bu tür doğal olayların depremle bir bağlantısı olup olmadığı konusunda farklı görüşler mevcuttur. Bilim insanları, bu tür gözlemler ile depremler arasında doğrudan bir ilişki kurmanın yanıltıcı olabileceği konusunda uyarılarda bulunmaktadır.

1999 depremi öncesinde İznik Gölü ile ilgili olarak, boyları 1,5 metreye ulaşan çok sayıda yılanın su yüzeyinde görülmesi iddiası bulunmaktadır. Bu olayın, 1999 depremi öncesinde de yaşandığı öne sürülmüştür. Ancak, Doğa Hareketleri Araştırma Derneği (DOHAD) Başkanı Fuat Agalday, bu tür iddiaların bilimsel bir değerinin olmadığını belirtmiştir. Agalday, bölgede detaylı inceleme yapılmadan göldeki yılanların depremle ilişkisinin kurulmasının doğru olmadığını ifade etmiştir.